شكّل تفجير كنيسة سيدة النجاة في 27 شباط 1994 في منطقة زوق مكايل، حدثاً مؤلماً غير مسبوق في تاريخ لبنان، وإتهاماً لحزب لطالما دافع عن الكنيسة والمسيحيين ولبنان، والهدف كان بدوره غير مسبوق، وهو حل حزب "القوات اللبنانية" تحت عنوان تفجير كنيسة، وتحديداً في قلب عاصمة الموارنة كسروان، للقضاء على المقاومة المسيحية – اللبنانية ورئيسها الدكتور سمير جعجع، وإدخاله السجن من دون اي امل بالخروج منه.هذا التفجير الذي وُضع تحت المذبح في قداس يوم الاحد، أسفر عن سقوط احد عشر شهيداً والعديد من الجرحى، مع دمار كبير للكنيسة، فتحقق الهدف ووُجهت السلطة حينها أصابع الاتهام الى قائد "القوات" لإدخاله السجن وإخراجه من الحياة السياسية نهائياً، فإعتقل العديد من المسؤولين القواتيين، واوقف جرجس الخوري متهماً اساسياً في المذبحة، واجريت سلسلة المحاكمات المعروفة، فسجّل النظام الامني السوري- اللبناني حينها إنتصاراً، بمشاركة ودعم افرقاء لبنانيين تابعين للنظام السوري، وبدورها وجهّت المعارضة اللبنانية أصابع الاتهام الى جهاز الأمن السوري- اللبناني المشترك، خلال حقبة الاحتلال الذي كان الآمر الناهي في لبنان.
الى ذلك قضى الدكتور جعجع الذي اتُهم بالتفجير وبجرائم اخرى 11 عاماً في السجن الانفرادي، وهو بدوره اتهم ذلك الجهاز المشترك بالتفجير، فكان المدافع الاكبر عن نفسه في جلسات المحاكمة. لكن بعد سنتين و4 اشهر صدر الحكم وتحديداً في 13 تموز 1996، فلفظه اعلى مرجع قضائي في لبنان "باسم الشعب اللبناني" معلناً براءة الدكتور جعجع من جرم تفجير كنيسة سيدة النجاة، الامر الذي وضع حينها السلطة في موقف حرج فبانت الاهداف، فيما أرجع الثقة بالحكيم من قبل بعض مَن ظنوا به، كما أطاح بأحلام أطراف كثر ارادوا إنهاء مسيرة طويلة جداً من النضال والمقاومة اللبنانية، لكن الكلمة الابرز كانت لكنيسة سيدة النجاة التي اطلقت حكمها ببراءة الحكيم.